Футбольна команда в Чорткові була утворена у 1946 році під назвою «Динамо».

У середині та кінці 1980-их рр. брала участь у чемпіонаті України серед колективів фізкультури (1 зона) під назвою «Цукровик», і лише з 1990 року стала називатись «Кристал». В 1992 році команда стартувала в першій лізі Чемпіонату України, посівше одразу ж 6-е місце. Проте найуспішнішим для команди став сезон 1995/96 рр., коли під орудою Семена Осіновського команда демонструвала змістовну і результативну гру (70 м'ячів у 42 іграх), хоча в чемпіонаті зайняла лише 10-те місце, тоді ж у 1996 році виграла Кубок Підгір'я, а вже через рік в сезоні 1996/97 рр. команда зайняла останнє 24 місце серед команд першої ліги і опустилась у другу лігу. Найкращим результатом у другій лізі був сезон 1997/98 рр. — 5-те місце серед 18-ти команд.

 В сезоні 1998/99 рр. через фінансові негаразди команда знялась із чемпіонату після першого кола, її виключили зі складу ПФЛ. Значна частина гравців «Кристалу» після розформування команди пробувала свої сили у чемпіонаті Казахстану. Згодом, команда знову була сформована уже під назвою «Авіаносець» і зосередилася на виступах на першість Тернопільської області, ставши 2002 року чемпіоном області, 2003-го — чемпіоном та володарем Супер-кубка. З 2005 року команда змінила назву на ФК «Чортків». В 2013 команда знову стала чемпіоном області.