Футбольна команда була заснована 1998 року з ініціативи доцента кафедри фінансів Чернівецького торговельно-економічного інституту КНТЕУ Анатолія Москальова. У 1999 році футбольна команда під назвою «КНТЕУ» дебютувала у чемпіонаті Чернівецької області з футболу (друга група), де зайняла 3 місце і отримала право наступного року виступати у першій групі чемпіонату Чернівецької області.

З 1999 року футбольна команда «Меркурій» стала учасником чемпіонатів Чернівецької області та міста Чернівці з футболу

У сезоні 2003 року футбольна команда була учасником чемпіонату України з футболу серед аматорів, де посіла 6-те місце серед більш ніж 40-ка колективів фізкультури України.

Футбольний клуб «Меркурій» був створений 8 квітня 2003 року, юридичну реєстрацію отримав 17 квітня.

У 2003 році команда виступала у чемпіонат України з футболу серед аматорів, в якому дійшла до фінального турніру.

У 2005 році «Меркурій» став бронзовим призером чемпіонату Чернівецької області з футболу, а після того вступив до АМФУ і в сезоні 2005/06 почала брати участь у змаганнях з футзалу. В першому ж своєму сезоні команда посіла перше місце у другій лізі і перейшла в першу лігу західного регіону чемпіонату України з футзалу. В своїх перших двох «футзальних» сезонах клуб виступав під назвою «Меркурій-ЧТЕІ». Всі ці роки команда продовжує досить успішно виступати в першій лізі, ставши чемпіоном в сезоні 2011/12, але відмовилася від участі в екстра-лізі через фінансові труднощі. У Кубку України найбільший успіх був досягнутий в сезоні 2011/12, коли команда дійшла до 1/8 фіналу і в запеклій боротьбі поступилася лідеру Екстра-ліги - львівській Енергії із загальним рахунком 7-8.

У сезоні 2012/2013 чернівчани знову виграли свою групу у першій лізі, проте клуб відмовився грати матчі фінального етапу через важке фінансове становище.

Титули та досягнення у футболі

• Чемпіон Чернівецької області у клубному заліку (2): 2001, 2002 рр.
• Срібний призер Чернівецької області у клубному заліку (2): 2003, 2005 рр.
• Бронзовий призер Чернівецької області з футболу серед дорослих команд (2): 2002, 2005 рр.
• Чемпіон Чернівецької області серед юнацьких команд (2): 2000, 2001 рр.
• Срібний призер Чернівецької області серед юнацьких команд (3): 2003, 2003, 2004 рр.
• Бронзовий призер Чернівецької області серед юнацьких команд 2005 р.
• Чемпіон м. Чернівці (3): 2001, 2004, 2005 рр.
• Володар Кубку м. Чернівці (3): 2001, 2004, 2005 рр.

Титули та досягнення у футзалі

• Чемпіон першої ліги 2011/12
• Бронзовий призер першої ліги 2010/11
• Переможець першої ліги західного регіону (2): 2010/2011, 2011/12
• Чемпіон другої ліги західного регіону 2005/06
• Володар «Кубку Ратуші» (м. Чернівці) 2005 р.
• Переможець турніру «Золота осінь - Lviv city» (Львів) 2011 р.