Футбольний клуб «Ніжин» заснований в 1998 році на базі футбольного товариства «Кристал». Домашні матчі команда проводить на стадіоні«Спартак».  «Ніжин» — чотириразовий чемпіон і шестиразовий володар кубка Чернігівської області.

В 1999 році «Ніжин» дебютував в чемпіонаті України серед аматорів,команда зайняла 3 місце у своїй групі.

У наступному сезоні 2000/2001 " Нижин" зайняв 1 місце у своїй групі і 2 місце у фінальній групі. У 2006 році і 2007 року року команда грала в Кубок України серед аматорів. Нині команда грає в чемпіонаті і кубку чернігівської області.

Досягнення

• Чемпіон Чернігівської області з футболу — 4 рази (1998, 2000, 2004, 2006)
• Срібний призер чемпіонату Чернігівської області з футболу — 5 разів (1999, 2001, 2002, 2003, 2005)
• Володар Кубка Чернігівської області з футболу — 6 разів (1999–2004)
• Срібний призер чемпіонату України серед аматорів з футболу — 1 раз (2000)