Футбольний клуб у Вінниці заснований під назвою «Держслужбовець-КФКС» у 2010 році.І відразу став виступати в регіональних змаганнях. 2012 року клуб дійшов до фіналу обласного кубка та виграв чемпіонат Вінницької області, завоювавши право на участь в аматорському чемпіонаті 2013 року.

В липні 2012 року команда змінила назву на ФК «Вінниця».

В 2013 вже під назвою ФК «Вінниця» клуб виграв кубок облості, в фіналі обігравши ФК«Шляховик» з рахунком 3:2.

В 2014 році ФК «Вінниця» завоювали срібні медалі чемпіонату Вінницької області.